日本人は昔から木や岩を神様と見なして祀ってきた歴史があります、木にしめ縄を、そして岩には祠（ほこら）を作って。
そのうちにしっかりと屋根を作って神様を守ることがだんだんと大きくなり神社へと発展していったという歴史があります。神社が山や川などの自然が多い場所にあるというのはその歴史をたどっていくと当然のことであって。
熊野なんかは今でもゴトビキ岩、那智の滝をご神体と考えるように、大神神社では三輪山そのものがご神体ですし、山・巨木・巨岩・滝・森そのものに神が宿ると考えられていました。
こうした神が降りる場所・依りつくものを「依代（よりしろ）」と呼びます。山岳信仰と神道、修験道が重なった場所なんかは今でもその信仰が残っていますが、この社も同じ感じです。木の根が張り巡らされて残っています。龍神村殿原などの地域には、山仕事の安全や自然への感謝を込めて祀られた「山ノ神」の小規模な祠が大切に守られています。